Nella primavera del 2004 l’Università degli Studi di Padova, sotto il rettorato di Vincenzo Milanesi, decide di istituire una Scuola Superiore Universitaria interna all’Ateneo, che assume la denominazione di Scuola Galileiana di Studi Superiori. Nel maggio dello stesso anno viene ratificata una convenzione con la Scuola Normale Superiore di Pisa per favorire l’avviamento della nuova Scuola e dar vita ad attività congiunte stabilendo un quadro di collaborazioni tra le due istituzioni. Approvato nel mese di settembre un Regolamento generale e un Regolamento didattico interno, con l’a.a. 2004/2005 prende ufficialmente avvio la Scuola Galileiana di Studi Superiori, la cui direzione viene affidata al neuropsicologo Carlo Arrigo Umiltà, affiancato dal patologo Cesare Montecucco nel ruolo di vicedirettore. Tra gli altri membri del Consiglio Direttivo, approvato ad ottobre dal Senato Accademico dell’Università di Padova, figurano il fisico teorico Amos Maritan, coordinatore della Classe di Scienze Naturali, e il filologo italiano Manlio Pastore Stocchi, a cui è affidato il ruolo di coordinatore della Classe di Scienze Morali. La neonata Scuola viene infatti organizzata in due Classi accademiche, quella di Scienze Morali incentrata sulle discipline umanistiche, e quella di Scienze Naturali dedicata alle discipline scientifiche.
La Scuola trova inizialmente la sua sede nello storico Collegio Morgagni, dove gli allievi risiedono e dove si svolgono anche le attività didattiche. Con l’ammissione ogni anno di 24 nuovi allievi, negli anni successivi la Scuola si stabilizza e prosegue le sue attività sotto la direzione dell’astronomo Cesare Barbieri (2010-2013) e del matematico Giancarlo Benettin (2013-2016). Nel periodo di direzione di quest’ultimo, hanno luogo due importanti novità. Nell’aprile del 2014 viene istituita la nuova Classe di Scienze Sociali, attiva a partire dall’a.a. 2014/2015, che porta a 30 il numero di allievi ammessi ogni anno. Con l’inizio del successivo a.a. 2015/2016 gli studenti si trasferiscono poi nella Residenza Nord Piovego, edificio Casa dello Studente, nel complesso di nuova costruzione “Cittadella dello Studente”, abbandonando così il Collegio Morgagni, che rimane tuttavia sede amministrativa e delle attività didattiche della Scuola fino all’inizio dell’a.a. 2019/2020, quando è ormai direttore lo storico della lingua italiana Michele Cortelazzo (2016-2022).
Durante la direzione del prof. Cortelazzo inizia il processo di accreditamento della Scuola, in coordinamento con le altre Scuole Superiori di Ateneo, in seguito al quale arriva il riconoscimento ministeriale che equipara il Diploma Galileiano rilasciato dalla Scuola a partire dal 2022 agli allievi delle coorti XIII ad un Master di secondo livello (ai sensi dell’art. 19, comma 3, del d.l. 76/2020, conv. mod. dalla l. 120/2020, e del d.m. 1093/2021).
Durante la direzione del fisico Gianguido Dall’Agata (2022-in corso), la Scuola conosce un positivo momento di rinnovamento e ampliamento delle attività, anche grazie ad importanti finanziamenti ministeriali assegnati alla Scuola in questi anni. Di particolare rilievo l’introduzione a partire dall’a.a. 2023/2024 di un percorso magistrale, che consente l’ingresso nella Scuola dopo la Laurea triennale o il terzo anno di un corso di Laurea magistrale a ciclo unico, e l’attivazione del nuovo percorso dottorale nell’a.a. 2024/2025. La Scuola Galileiana comincia inoltre a condividere un tavolo di coordinamento con le altre nove Scuole Superiori d’Ateneo riconosciute dal d.m. 231/2023, denominato Alleanza delle Scuole Superiori di Ateneo (ASSI), ed è attualmente parte del progetto “MERITA, la rete per il talento”, finanziato nell’ambito del PNRR, insieme alla Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa, la Scuola Normale Superiore, il Collegio Superiore dell’Università di Bologna, e la Scuola Superiore di Studi Avanzati della Sapienza Università di Roma.
Dopo importanti lavori di ristrutturazione finanziati con fondi ministeriali e di Ateneo, tra dicembre 2025 e gennaio 2026 è previsto il trasferimento della Scuola Galileiana nella sua nuova sede presso l’ex “Casa dello studente A. Fusinato”.